Pinguine sind flugunfähig. Im Wasser sind sie jedoch pfeilschnelle und wendige Schwimmer, die regelrecht durch das Wasser fliegen. Frisch geschlüpfte Pinguinküken müssen ihr Daunengefieder erst wechseln, bevor sie ihren Eltern zur Jagd ins Wasser folgen können. Männchen und Weibchen der Humboldtpinguine unterscheiden sich äußerlich kaum, jedoch lassen sich die einzelnen Individuen an ihrem Punktmuster auf dem Brustgefieder unterscheiden.

Pinguine gehören mit zu den Leidtragenden der Meeresüberfischung. Den Humboldtpinguinen wird durch die Fischmehlindustrie zunehmend die Nahrungsgrundlage entzogen, viele Vögel verenden qualvoll in Schleppnetzen und Fangleinen. Zudem leiden Humboldtpinguine besonders unter den Folgen des immer häufiger auftretenden "El Nino". Dieser warme Meeresstrom verdrängt das nährstoffreiche Wasser und mit ihm die Sardellen, die Hauptnahrungsquelle der Humboldtpinguine.